公司一开始说底薪3000加全勤300，6.17号正常离职，意思是没上满三个月

公司在你入职后单方面出文件扣补助不合理。入职时约定的补助属于劳动报酬一部分，公司不能随意变更。你可与公司协商，表明公司做法不合法，应按原约定支付补助。若协商不成，可收集入职约定、工资发放记录等证据，通过合法途径维护权益，要求公司支付6月工资和不应扣除的补助。
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您咨询的公司单方面扣除已发放的补助问题，这涉及到劳动合同的履行和工资支付。根据《劳动法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。公司单方面改变约定，扣除已发放的补助，可能构成违约。在《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》中明确规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。因此，公司的行为可能违法，您有权通过调解、举报、仲裁或诉讼等方式维权。
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若公司坚持扣除补助，您可采取以下措施：首先，尝试与公司沟通，了解其扣除补助的具体原因；其次，若沟通无果，可向本单位劳动争议调解委员会申请调解；若调解不成，到劳动行政部门举报或直接申请仲裁；最后，对仲裁结果不满意时，可在拿到仲裁书后十五天内向法院起诉。
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从法律角度，您应首先保留好劳动合同、工资条、补助发放记录等证据。其次，通过合法途径维权，如先申请调解，调解不成则向劳动行政部门举报或直接申请仲裁。在仲裁过程中，可要求公司全额支付工资及补助，并加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。若仲裁结果不满意，可向法院起诉。
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